Enfin, Scientrier participe au projet d'envergure : Natura 2OOO 

Le réseau Natura 2OOO est un réseau européen de préservation de la diversité biologique dont l'ambition est de concilier les activités humaines et les engagements pour la biodiversité. 17% du territoire de l'Union européenne et 12.5 % du territoire national sont concernés par ce réseau.

Dans la vallée de l'Arve, deux sites sont inscrits au réseau : le marais de Reignier et la moyenne vallée de l'Arve sur les communes de Contamine-sur-Arve et Scientrier (calé sur le périmètre de l'arrêté de Biotope).

Le SM3A, en lien avec les différents partenaires du projet (dont les communes), a souhaité élargir la réflexion sur environ 800 ha répartis depuis Marignier jusqu'à la frontière suisse. Sur le seul espace Borne / Pont Bellecombe, on peut recenser au moins 15 espèces d'intérêt communautaire dont le Castor (l'espèce la plus emblématique), le Blongios nain ou le Martin-pêcheur...

Actuellement des investigations de terrain sont engagées pour recenser ces espèces et juger de l'opportunité de ces territoires pour le réseau. Rappelons que sur le plan réglementaire, la France a fait le choix de développer des outils contractuels de gestion de ces milieux reposant sur une démarche volontaire des usagers et propriétaires des sites et non sur une démarche imposée. Ainsi, I'outil n'empêche ni activité (chasse, pêche...) ni projet mais propose une gestion commune des espèces.